Minecraft Java Edition のバージョンを1.17.1から1.18.1にバージョンアップしたところ、既存のワールド内の一部アイテムが消失するという事態が発生しました。

結論を先に…

modで生成されている（mod独自の）アイテムを予め1.17.1で削除してから1.18.1で読み込んだところ、アイテム消失はなくなり解決しました。
これは特定のmodで起こったことではなく、また1.18.1でも引き続き利用しているmodかどうかは問いませんでした。

どのようなものが消えたか？

一部のチェスト、一部のラージチェスト、一部の樽内に格納していたアイテムがすべて消失しました。
なお、エンダーチェスト内のものはすべて問題無く存在していました。
（※トラップチェストは1.17.1時点ですべて撤去したのでどうなるかわかりません。）

また、設置済みのオレンジのベッドの描画が透明になりました。
ベッドは、テクスチャのリロード（F3 + T）を行っても解決せず、Minecraft自体を再起動しても解決しませんでした。
描画が透明になっただけでベッド自体は存在はしており、破壊も可能でインベントリにも格納され、再設置すれば正しく描画されました。

他のブロックは無事で、ブロックとして設置しているアイテムや額縁に貼り付けたアイテムは無事でした。

どのような条件で消失したか？

同一アイテムが同様に格納された隣合った横並びの樽でも消失した樽と消失しなかった樽があり、条件はすぐにはわからなかったのですが……。
チャンク境界線を表示したところチャンクを境に無事な樽と問題の樽とが別れていることが解り、消失が起こった場所は特定の2つのチャンク内であることが判明しました。

いずれも初期拠点のアイテムが豊富に管理されている隣合ったチャンクで、消失が起こったチャンク内の格納アイテムはすべて消失していました。
当該の2つのチャンク以外では一切消失は起こっおらず、ベッドの透明化も起こっていませんでした。

2つのチャンクの共通点は？

2つのチャンクにはいくつかの共通点がありました。

① オレンジ色のベッドが配置されている。（各チャンク内に1つ）
② 倉庫で無数のアイテムが管理されている。（数も種類も）
③ 看板が設置されている。
④ ホッパーが設置されている。
⑤ 素のマインクラフト（バニラ）には存在しないmod独自のアイテムがブロックとして設置されている。

共通点を含む他のチャンクは？

① オレンジベッド

オレンジベッドが設置されたチャンク内にチェストや樽が設置されている他の場所を確認したところ、アイテムは無事で、ベッドの描画も問題ありませんでした。

② 倉庫

無数のアイテムが管理されているいくつかの他の場所を確認し、初期拠点よりも大規模な場所も見てみましたが、いずれもアイテムやベッドは無事でした。

③ 看板

看板は当該の2つのチャンクに隣接した他のチャンクにもいくつも存在しますが、いずれの場所も無事でした。

④ ホッパー

ホッパーは当該の2つのチャンクに接続する形で設置している隣接チャンクも存在しますが、無事でした。

⑤ mod独自のブロック

mod独自のアイテムがブロックとして設置されている他の場所は、初期拠点以外では1箇所しか存在しないのですが、その1箇所のチャンク内にはチェストや樽は存在せず、同様の事象を確認することは出来ませんでした。
なお、チャンク外の樽にはmod独自のブロックが格納してありましたが、「設置」ではなく「格納」してある分には問題は発生せず、アイテム消失は起こってませんでした。

アイテムを破壊してからアップデートしたら解決

mod独自のブロック設置が怪しいとわかったので、バージョンアップする前に予め1.17.1環境でブロックを破壊してみました。
破壊し、念のためサボテンに投げて完全消去してから1.18.1でワールドを開いてみたところ、すべてのチェスト、ラージチェスト、樽の中のアイテムは無事で、問題は解決しました。

2つのチャンクの中の1チャンクは、1.18.1では利用しないmodのブロックでした。
残る1チャンクに設置されている独自ブロックは、1.18.1でも利用するmodのもので、1.17.1版も1.18.1版も存在するmodでした。
よってプレイ環境に当該modが存在する（modが読み込まれている）かどうかは関係無いようです。

なお、過去のバージョンアップではこのような経験はありませんでした。

クリーンな環境でアップしたら？

前述の検証を行う前にも、色々試していました。

・modが無い環境でアップしたらどうなるか？
・独自のシェーダーパックやリソースパックを利用しない環境ならどうなるか？
・Forgeを利用せず素の1.18.1ならどうか？
・データパックを削除したら？
・mod独自のフォルダーやconfigファイルやserverconfigファイルを削除したら？
・ログやスクリーンショットのファイルをすべて削除したら？
・Javaの起動パラメーターを初期値にしたら？

上記すべて試してみて、素の（modやリソースパックを削除した）クリーン状態なマインクラフト Ver.1.18.1で当該ワールドを読み込んでみたのですが、mod独自のブロックを破壊しない限り問題は解決しませんでした。
日本語や英語でウェブ検索をしても同様の情報はほぼ出てこず不安でしたが、無事に解決出来てひと安心です。

▼類似例（？）
Error Updating Server to 1.18 – Items Disappeared From Chests
https://www.reddit.com/r/Minecraft/comments/radxu4/error_updating_server_to_118_items_disappeared/
Items disappearing out of non-vanilla tile entities after world reload
https://forums.minecraftforge.net/topic/106568-items-disappearing-out-of-non-vanilla-tile-entities-after-world-reload/

なお余談ですが、Javaの起動パラメーターを初期値にして1.18.1にアップしたワールド内の1.17.1までに既訪の部分を歩き回っていたところ、徐々に重くなり、ついにはフリーズしてOut of Memory（エラー）が表示されてしまいました。（このエラーを見たのは初めて。）
タイトル画面に戻るか、それとも終了するか、選択ボタンが表示されたのですが、フリーズしてボタンすら押せませんでした。
それだけ1.18.1の地下拡張部分の新規生成は重いということと、パラメーターを適切なものに変更する重要性を認識しました。（ガベージコレクタの動作に関わる部分は調整したほうが快適になりそうですね。）

※2022/02/18：誤字訂正、補足追記